昆明植物園始建于1938年，隸屬于中國科學院昆明植物研究所（下稱：昆明植物研究所）。昆明植物園立足我國云南高原，面向西南山地和橫斷山南段，是以引種保育云南高原和橫斷山南端地區的珍稀瀕危植物、特有類群和重要經濟植物等為主要內容，以資源植物的引種馴化和種質資源的遷地保護為主要研究方向，集科學研究、物種保存、科普與公眾認知為一體的綜合性植物園。園區開放面積44公頃，分為東、西兩個園區，已建成了山茶園、巖石園、竹園（以竹類為主的水景園）、羽西杜鵑園、觀葉觀果園、百草園、木蘭園、金縷梅園、極小種群植物專類園、裸子植物園等15個專類園（區），收集保育植物7000余種和品種。建園以來，獲省部級以上獎勵40項，發表論文600余篇，獲授權發明專利50余項，注冊植物新品種100余個，出版專著60余部。昆明植物園先后被命名為“全國科普教育基地”、“云南省科學普及教育基地”、“全國青少年走進科學世界科技活動示范基地”、“全國青少年科技教育基地”、“昆明市科普精品基地”等；山茶園榮獲“國際杰出茶花園”稱號。昆明植物園現為國際茶花協會主席掛靠單位。2012年成功舉辦了首屆中國科學院植物園“名園名花展”，開啟了中科院高水準特色花卉展覽之先河。近年來策劃舉辦了“探秘植物界小微家族”高中生科學營、“尋找植物寶貝”親子科普活動、“重新認識植物園”、“暑期去哪兒”及“夜游植物園”等特色主題科普活動達50余次。從2012年起昆明植物園成功承辦四屆中國植物園聯盟“園林園藝與景觀建設培訓班”，共為來自全國的40個植物園及相關單位的100余位學員提供了高水平園林園藝的專業技術培訓，從中選派過12名優秀學員前往英國愛丁堡皇家植物園進行深造和提高。
昆明植物研究所曾于1958年—1974年在玉龍雪山南麓籌建麗江植物園（后來停辦）。2001年，昆明植物研究所與英國愛丁堡植物園、云南省農業科學院麗江高山經濟植物研究所合作，開始復建麗江高山植物園。復建的麗江高山植物園位于麗江玉龍雪山南麓哈里谷，該園園區規劃面積4300余畝，海拔2600 — 4300米，有原生植物2300余種。2010年底，昆明植物研究所與與麗江市人民政府、云南省農業科學院麗江高山經濟植物研究所、中國科學院昆明動物研究所、中國科學院西雙版納熱帶植物園等機構，在麗江高山植物園玉龍雪山野外工作站基礎上，聯合籌建麗江森林生態系統定位研究站。2014年，昆明植物研究所進行了研究系統和支撐系統部門調整，形成“三室一園一庫”的科研機構布局，麗江高山植物園及其麗江森林生態系統定位研究站納入昆明植物園管理。
“十二五”期間（2011年-2015年），昆明植物園共主持（包括參與主持）承擔國家自然科學基金重點項目/ NSFC-云南聯合基金重點項目、中國科學院重點部署項目、國家科技重大專項、國際合作、地方委托等各類項目100余項；積極參與推動極小種群野生植物（Plant Species with Extremely Small Populations，簡稱：PSESP）“搶救性保護”在政府層面行動計劃的制定，引領了中國極小種群野生植物的系統研究、保護實踐與示范；發表學術論文180余篇，其中在Annals of Botany, Biodiversity and Conservation, BMC Plant Biology, Conservation Biology, Mycorrhiza, Scientific Reports等國際重要SCI刊物上發表的論文136篇，出版專著4部，培育具有自主知識產權的植物新品種25個；申請發明專利、相關標準或規范計24件。 五年間，新建植物專類園2個，完成了占地35畝“扶荔宮”溫室群的改擴建，還對7個專類園進行了景觀優化與改造提升；新建氣象站，完善了植物數據采集及物候觀測記錄體系；引種植物2449號超過1000種。到昆明植物園開展科研觀察、教學實習、科普活動和觀光休閑的人數，從2011年的479051人次增加到2015年的912598人次（2015年比2011年增加了433547人次），累計入園人數達到了357萬人次。
